在忽必烈的敌人名单上，很多人第一反应肯定是南宋。但要说实话，要是让忽必烈自己挑个最头疼的敌人，南宋可能还真排不上号。要说他这辈子最麻烦的对手，那还得是海都。
中统五年（1264年）八月，忽必烈刚把阿里不哥给摆平了，改年号为至元元年。可西北这边，窝阔台的孙子海都、察合台的后王笃哇，还有东北那边的成吉思汗弟弟的后王乃颜、蒙哥的儿子昔里吉，这些王爷们互相勾着，趁着忽必烈忙着对外打仗，老在背后搞事情。海都嘛，窝阔台汗国被拖雷系夺了位，他心里那点憋屈，明眼人都看得出来。
海都算是蒙古贵族里头的老保守了，对忽必烈搞“汉法”特别不理解。他还直接质问忽必烈：“咱们蒙古的老规矩和汉人的法子本来就不同，你现在在中原建都城、搞那些汉人的礼仪制度，到底是啥意思？”早先阿里不哥和忽必烈抢汗位的时候，海都觉得阿里不哥可能更靠谱，就跟着他一起对付忽必烈。后来阿里不哥输了，海都就跑回自己叶密立河边的封地，琢磨着怎么拉起队伍自己干。
海都这人挺会拉关系，在术赤那些后王的支持下，慢慢把窝阔台、贵由当年的地盘都拢过来了，窝阔台汗国一下子就成了当时的狠角色。到了至元十一年（1274年），海都还帮笃哇当上了察合台汗，俩人穿一条裤子，根本不理忽必烈的命令，在天山南北到处骚扰。而且海都好几次都不去朝见忽必烈，最后两边就打起来了。至元十三年（1276年），忽必烈派宰相安童去平了跟着海都造反的火狐儿，结果后来蒙哥的儿子昔里吉因为军饷分得不满意，也跟着反了。
另外，东北的乃颜王爷仗着自己权大，不想当忽必烈的臣子，还想抢他的位子，派使者去跟海都勾结，约好两面夹击忽必烈，想把元朝给推翻。忽必烈赶紧把南征的阿术、伯颜、李庭这些大将调回来，先收拾了昔里吉和跟着叛乱的弘吉刺部贵族只儿瓦歹。忽必烈自己则带兵往东北打乃颜，至元二十四年（1287年）五月，乃颜被打败抓起来了。到了至元二十八年（1291年），流窜到高丽的哈丹余部也被干掉了，东北这边的叛乱总算平了。
至于西北海都、笃哇这些人的叛乱，忽必烈在灭了南宋之后，几乎把所有兵力都调到阿尔泰山和天山一线驻扎，派亲王和大臣镇守。元朝大部分兵马都卡在这条又长又没多少人的防线上，那负担可想而知。不过海都和笃哇他们，一直到元成宗铁木耳上台，改了之前的消极防守，改成主动出击，才终于把他们彻底打败，平了这三十多年的乱子。
